環境構築はなかなかすんなりいかないものですので、いつもぐぐって解決させてますが、そんなときに助けてもらっているURLをまとめておきます。

まずは最初の下準備
はじめてのさくら VPS + CentOS の初期設定からチューニングなどの作業まとめ

rootでのログイン禁止
rootによるログインを禁止

FTPをyumインストール
FTPサーバのインストール（Linux）

昔っからお世話になりまくってる。環境構築全般
CentOSで自宅サーバー構築

httpd.conf でベーシック認証
ユーザー認証によるアクセス制限（ベーシック認証編）

mysqlデータ移行が必要なら
MySQLのダンプ（エクスポート）、インポート、バックアップ

バーチャルホストでリダイレクト
virtualhostを使ったリダイレクト

不正アクセスを自動でhosts.deny に追加
さくらのVPSで絶対最初に入れてほしいセキュリティソフト